重庆交通大学智能供应链工程研究中心实行学术委员会指导下的主任负责制。中心主任由本领域高水平的学科学术带头人担任，全面负责中心的建设管理与发展工作；学术委员会由本学科领域的知名专家、学者组成，承担中心的学术指导和发展咨询工作，是中心的最高学术机构。对外实行“开放、流动、联合、竞争”的运行机制，为国内外供应链管理及其他相关领域的专家、学者及工程技术人员提供学术交流讨论和科学研究环境。

① 日常管理：实行学术委员会领导下的主任负责制，设主任1 人、副主任2 人，专职秘书1 名，其中一名副主任担任常务副主任。主任由学术委员会聘任，主任提名副主任人选，经学术委员会同意后予以任命。主任对中心的发展和管理全面负责，并在民主集中制的原则下负责中心重大（要）事项的决策；副主任协助主任负责中心的日常管理工作；专职秘书协助做好日常事务处理工作。

②科研人员管理：按照岗位职能划分原则和要求，实行人员聘任制。针对各个研究方向，聘请相关研究领域方向的知名专家教授担任学术带头人，专职高级研究人员担任学术骨干，其他研究人员作为学术团队成员。按照《人员聘任管理与绩效考核办法》，进行岗位聘任与绩效考核，考核周期一般为3年。

③实验设备管理：按照实验设备管理办法，中心聘任有专职实验技术人员负责各平台的科研仪器设备运行环境保障、科研仪器设备日常维护和保养、使用培训、安全管理等实质性工作，实行专人专管，做到设备状态登记规范、可查，保证设备的完好和开放共享。

④对外合作交流与开放措施：依照“开放、流动、联合、竞争”的运行机制要求，中心建立了对外合作交流与开放运行的办法与措施。第一，充分发挥“管理科学与工程”重庆市重点学科和一级学科博士点的支撑优势，鼓励各研究方向团队不定期采取项目合作、学术交流、研讨、访问等多种形式密切加强与校内交通运输工程相关学科专业以及国内有关高校、研究院所的合作、共享、交叉与融合。第二，鼓励各研究方向团队参与地方区域经济和产业发展，目前已经通过各种合作方式与国内、地方相关的部门和企业建立了紧密的合作关系，如重庆市政府、重庆市交通委员会、重庆市道路运输管理局、重庆市港航管理局、重庆交通运输（集团）有限公司、渝新欧（重庆）物流公司等，积极为行业管理部门和企业提供技术咨询与决策支持服务，为地方社会经济发展做出积极的贡献。第三，鼓励科研仪器设备平台的开放与共享，定期组织申报和资助中心的开放创新研究课题。第四，鼓励研究团队以各种形式主办或协办相关国际学术会议，加强国际间的合作交流。